建校初期学校没有设立科研工作管理机构。全校通过学年工作计划及科研计划对全校科研工作提出要求和进行指导。各系（科）则由党总支（支部）与行政通过各教研组（室）布置任务和进行督促检查。学校最早出现的科研管理机构是建于l959年初的由学校党和行政直接领导的科学研究办公室。它是为了加强对于自1958年夏、秋开始的科研群众运动的领导与管理而建立的1961年开始科技群众运动已经“降温”。为了适应对正常科学研究工作进行管理的需要,于1961年lO月成立教学科研科。在1962年初学校设立教务处后,教学科研科划归教务处领导,同时,撤销科研办公室。1964年秋,为了分别加强对文、理科科研工作的领导,教学科研科分为社会科学科和自然科学科2个科，仍属教务处领导，直至“文化大革命”止。1978年复校后，学校设立科学研究科，以适应科学管理工作的需要，并在此基础上筹建科研处。同年年底任命科研处长，1979年初科研处正式开展工作。这是建校以来首次成立的独立的科研管理职能部门。

建处以后的若干年中，科研处的职能及内部结构也不断有所变化。建处时，下设科研科和学报编辑部。1982年增设情报资料室。1983年增设研究生科。1984年光催化研究组由科研处代管;全国高等学校文科学报文摘编辑部挂靠该处。1986年学报编辑部、全国高校文科学报编辑部及研究生科相继成为学校内独立机构而脱离科研处。1987年情报资料室转入图书馆。1988年科研处下设两科一岗,即文科科研科、理科科研科及财务岗位。2002年原有的科研处进行重新组建，新建社会科学管理处和科学技术管理处，分别负责学校文科和理工科的科研工作。